Otra consecuencia, quizá la más negativa, fue la represión y exclusión política que se hizo más severa ante la existencia de un Estado centralizado y sustentado por una jurisdicción autoritaria. El control vertical de la política, instaurado por la rama ejecutiva, impidió a los opositores, de manera sistemática, el acceso a cargos burocráticos incluso en las regiones que antes manejaban.
Se incrementaron las restricciones al sufragio; los senadores debían tener una base patrimonial para postularse y, al igual que el presidente, eran elegidos no de manera directa por la población, sino de manera indirecta por un grupo de electores. Este manejo del sistema político, sumado a otros factores como las crisis económicas, desembocó en guerras como la de 1895 y la desastrosa Guerra de los Mil Días.
